Les origines de l’orgue de l’église Notre Dame de Thizy remontent à la première moitié du XVIIIème siècle.
En effet, c’est en 1745 que Karl Joseph Riepp* le construisit pour le couvent des Bernardines de Dôle. L’orgue fut quelque peu  augmenté par Francois Callinet.
Lors de la révolution, un certain Lerouge, organiste à la collégiale et prédestiné par son nom à un certain goût de la piraterie, déroba quelques-uns des jeux de cet orgue, le laissant à l’abandon. C’est dans cet état qu’il parvint en 1806 à la chapelle de la Charité à Lyon. Il fut repris par le même Callinet, et restauré par Michel-Merklin vers 1880. Lorsque fut décidée la destruction de l’hôpital de la Charité au milieu des années 1930 (seul le clocher subsiste, souvenir concédé aux Lyonnais qui s’élevaient contre sa disparition), la paroisse Notre-Dame de Thizy se rendit acquéreur de l’instrument qui fut inauguré par Marcel Paponaud en 1935. Relevé par la maison Ruche en 1942 et enfin restauré par la manufacture Languedocienne de Grandes Orgues ( Georges Danion) en 1992. La composition de cet orgue a peu changé depuis 1880, il comporte depuis les travaux de Merklin 20 jeux, soit 1202 tuyaux.
L'orgue de Notre Dame de Thizy a été classé monument historique.


* facteur d’orgue unique en ce qu’il était originaire de Souabe et fit la deuxième partie de sa carrière en Bourgogne, réunissant ainsi dans sa facture le meilleur des traditions française et germanique – établi à Beaune il était également négociant en vins, ce qui conforte l’image d’un homme amoureux des belles et bonnes choses.